（一）办公室（财务审计科）。负责综合协调机关日常工作；参与重大政策和重大问题的调查研究；指导交通运输行业体制改革等工作。指导交通运输行业队伍建设和精神文明建设；承担机关和所属单位的党的建设、机构编制、组织人事、人才队伍、新闻宣传、教育培训、劳资、职称和职业资格等工作。承担财务、会计和审计等工作；负责组织编报部门预决算；承担交通运输资金的申请、拨付及使用监管、会计核算工作；指导机关和直属单位国有资产管理和政府采购工作；负责拟订局系统内审计工作计划并组织实施；配合审计部门对局直属企事业单位行政负责人开展任期及离任责任审计，会同有关部门对区直交通运输系统专项资金运行拨付、各项交通规费收支以及交通重点工程项目决算进行审计。
（二）综合计划科（建设管理科、铁路建设科）。组织统筹全区综合运输体系和地方铁路、公路、航道、港口、民用机场、农村公路等发展规划编制及相关前期工作，制定年度计划；负责交通运输行业统计分析等工作。贯彻执行交通建设管理、社会信用体系建设、招标投标等相关法律法规，结合实际制定实施办法并监督实施；承担交通基础设施建设管理等工作。
（三）综合运输科（行政审批科、区国防动员委员会交通战备办公室）。承担公路、铁路、水路、航空等运输方式的衔接和协调服务工作；牵头负责全区道路、水路运输发展和管理工作，承担城乡、镇村客运管理工作；负责道路、水路运输及交通物流业发展战略、规划、政策、标准的拟订和监督实施。组织编制交通运输行业科技与信息化发展战略、规划和计划；指导并监督交通运输行业质量、技术、节能减排等工作。负责公路、水路运输安全生产综合监督和突发事件安全管理、应急管理等工作；组织拟定并监督实施公路、水路安全生产应急预案；依法组织或参与事故调查处理工作；指导有关安全生产和应急处置体系建设，监督局属单位安全监管工作。负责全区国防交通战备动员工作。承担交通运输行政许可工作；组织起草交通运输规范性文件；承担法制宣传教育等工作；承担规范性文件的合法性审查；承担行政复议、行政诉讼等工作。